Het kasteel van Merkem heeft een lange en turbulente geschiedenis die teruggaat tot de 12de eeuw. Oorspronkelijk werd er rond 1130 een mottekasteel gebouwd, dat later werd uitgebreid tot een volwaardig kasteel. Het kasteel fungeerde als hoofdzetel van de heerlijkheid Merkem en was door de eeuwen heen in handen van verschillende adellijke families, zoals de geslachten Grammene, Moerkerke, Villain, Halewijn, en de Mérode. Het kasteel kende enkele dramatische gebeurtenissen, zoals de brand in 1381 en de volledige verwoesting tijdens de godsdienstoorlogen in 1566. Steeds werd het kasteel herbouwd. In 1764 kwam het in handen van Jean Jacques van Outryve, die het in classicistische stijl verbouwde.
Door een huwelijk kwam het kasteel in 1797 in bezit van de familie De Coninck. Deze familie breidde het kasteelcomplex in de 19de eeuw verder uit en gaf het een U-vormige plattegrond door toevoeging van stallen en een koetshuis.
Tijdens de Eerste Wereldoorlog werden zowel het kasteel als het omliggende park volledig verwoest. Na de oorlog werd het kasteel herbouwd naar een ontwerp van de Ieperse architect Jules Coomans. De laatste bewoonster van het kasteel, Françoise de Coninck de Merckem, werd op 5 januari 1971 aangesteld als burgemeester net als haar vader, Pierre de Coninck de Merckem, die meer dan 50 jaar burgemeester was.